¿Cuál es la diferencia entre CGH y Array CGH?

Que diferencia principal entre CGH y matriz CGH es que CGH es un método citogenético molecular tradicional para analizar la variación del número de copias en el ADN de una muestra de prueba, que tiene una resolución más baja, mientras que array-CGH es un método citogenético molecular completamente automatizado para analizar la variación del número de copias en el ADN de una muestra de prueba. muestra, que tiene una resolución más alta.

CGH y array-CGH son dos técnicas para detectar variaciones en el número de copias en individuos. La variación del número de copias se refiere a las secciones del genoma que se repiten. El número de copias varía entre los individuos. Las variaciones del número de copias generalmente se clasifican en dos grupos: repeticiones cortas y repeticiones largas. Uno de los ejemplos más conocidos de variación del número de copias cortas es la repetición del trinucleótido CAG en el gen de la huntingtina. Esto provoca un trastorno neurológico llamado huntingtina. El principal ejemplo de la variación del número de copias de repetición larga es el gen de la alfa-amilasa, que causa la resistencia a la insulina. Las variaciones del número de copias se pueden detectar mediante técnicas como FISH, CGH y array-CGH.

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CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia clave
2. ¿Qué es CGH?
3. ¿Qué es Array CGH?
4. Similitudes - CGH y Array CGH
5. CGH vs matriz CGH en forma tabular
6. Resumen - CGH frente a Array CGH

¿Qué es CGH?

CGH es una técnica citogenética molecular tradicional utilizada para analizar la variación del número de copias en el ADN de una muestra de prueba en comparación con una muestra de referencia. Tiene una resolución más baja en comparación con las técnicas automatizadas. El objetivo de esta técnica es comparar de manera rápida y eficiente dos muestras de ADN genómico obtenidas de diferentes fuentes.

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Figura 01: CGH

El procedimiento consiste en aislar ADN de dos fuentes: de prueba y de referencia. El siguiente paso es etiquetar de forma independiente muestras de ADN de prueba y de referencia con fluoróforos de diferentes colores. Posteriormente, las dos muestras de ADN se desnaturalizaron para obtener las muestras de ADN monocatenario. Finalmente, la hibridación de las dos muestras de ADN resultantes se realizó en una proporción de 1:1 a una distribución de cromosomas en metafase normal. Las diferencias cromosómicas entre las dos fuentes se pueden identificar usando un microscopio de fluorescencia y un software de computadora. Además, la técnica CGH solo es capaz de detectar anomalías cromosómicas desequilibradas.

¿Qué es la matriz CGH?

Array CGH es un método citogenético molecular completamente automatizado para analizar la variación del número de copias en el ADN de una muestra de prueba en comparación con una muestra de referencia. Tiene mayor resolución y está diseñado para minimizar las limitaciones del CGH tradicional. Array CGH combina los principios de CGH con el uso de microarrays. En lugar de utilizar cromosomas en metafase, este método utiliza portaobjetos con pequeños segmentos de ADN como objetivos. Estos microarrays se hicieron depositando e inmovilizando una pequeña cantidad de ADN (sondas) sobre un soporte de vidrio sólido. Las sondas pueden variar en tamaño desde un oligonucleótido hasta un cromosoma artificial bacteriano.

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Figura 02: Matriz CGH

Independientemente de las sondas, el método básico de matriz CGH es similar a CGH. Una vez preparadas las sondas que contienen la micromatriz, las dos muestras de ADN (prueba y referencia) marcadas con fluoróforos de diferentes colores se mezclan y se añaden a la micromatriz. Dado que el ADN de las muestras es monocatenario debido a la desnaturalización, este ADN se hibrida con sondas monocatenarias ordenadas. Usando un sistema de imágenes digitales, es posible identificar las diferencias cromosómicas entre las dos fuentes.

¿Cuáles son las similitudes entre CGH y Array CGH?

• CGH y array-CGH son dos técnicas para detectar variaciones en el número de copias.
• Son métodos de citogenética molecular.
• Ambos métodos diagnostican anomalías cromosómicas desequilibradas.
• Los fluoróforos están involucrados en ambos procesos.
• Ambos métodos se pueden utilizar para detectar trastornos genéticos debido a variaciones en el número de copias.
• A menudo se utilizan en el análisis comparativo del genoma.

¿Cuál es la diferencia entre CGH y Array CGH?

CGH es un método citogenético molecular tradicional para analizar la variación del número de copias en el ADN de una muestra de prueba con una resolución más baja, mientras que array-CGH es un método citogenético molecular totalmente automatizado para analizar la variación del número de copias en el ADN de una muestra de prueba con una resolución más alta. Entonces, esta es la diferencia clave entre CGH y matriz CGH. Además, en CGH, las muestras de ADN de prueba y de referencia se hibridan con una distribución de cromosomas en metafase normal, pero en CGH de matriz, las muestras de ADN de prueba y de referencia se hibridan con las sondas de ADN inmovilizadas que contienen microarrays.

La siguiente infografía enumera las diferencias entre CGH y CGH de matriz en forma tabular para una comparación directa.

Resumen - CGH vs Array CGH

CGH y Array-CGH son dos técnicas de citogenética molecular para detectar anomalías cromosómicas desequilibradas. A menudo se utilizan en el análisis comparativo del genoma. CGH es un método citogenético molecular tradicional para analizar la variación del número de copias en el ADN de una muestra de prueba con una resolución más baja. Por el contrario, array-CGH es un método citogenético molecular completamente automatizado para analizar la variación del número de copias en el ADN de una muestra de prueba con una resolución más alta. Por lo tanto, esto resume la diferencia entre CGH y matriz CGH.

Relación:

1. "Hibridación genómica comparativa". Una visión general | Temas de ScienceDirect.
2. Heather, James M. y Benjamin Chain. "La secuencia de secuenciadores: la historia de la secuenciación de ADN". Genomics, Academic Press, 10 de noviembre de 2015.

Imagen de cortesía:

1. "Esquema CGH" por Mbaudis (conferencia) (cargas) - Trabajo propio (CC BY 2.5) a través de Commons Wikimedia
2. "Protocolo Array CGH" Por Philippe Hupé - Emmanuel Barillot, Laurence Calzone, Philippe Hupé, Jean-Philippe Vert, Andrei Zinovyev, Computational Systems Biology of Cancer Chapman & "Hall/CRC Mathematical" Computational Biology, 2012 (CC BY - SA 3.0) a través de Commons Wikimedia