¿Cuál es la diferencia entre FASTA y FASTQ?

La diferencia clave entre FASTA y FASTQ es que FASTA es un formato basado en texto que solo almacena secuencias de nucleótidos o proteínas, mientras que FASTQ es un formato basado en texto que almacena secuencias y valores de calidad de secuencia asociados.

La bioinformática es un campo que utiliza diferentes programas para analizar y comprender datos biológicos, especialmente cuando el conjunto de datos es complejo y grande. Este campo combina biología, química, física, informática, ingeniería de la información, matemáticas y estadística para analizar e interpretar datos biológicos. FASTA y FASTQ son dos formatos de representación de secuencias en el campo de la bioinformática para alinear y analizar secuencias. De hecho, FASTQ es un formato de archivo de secuencia que amplía el formato FASTA con la capacidad de almacenar la calidad de la secuencia.

CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia clave
2. ¿Qué es FASTA?
3. ¿Qué es FASTQ?
4. Similitudes: FASTA y FASTQ
5. FASTA vs FASTQ en forma tabular
6. Resumen - FASTA vs FASTQ

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¿Qué es FASTA?

FASTA es un software de alineación de secuencias de ADN y proteínas. El software FASTA utiliza el formato FASTA. Es un formato basado en texto que representa secuencias de nucleótidos o secuencias de aminoácidos (proteínas). Aquí, los códigos de una sola letra representan ambas secuencias. FASTA es una herramienta importante en los campos de la bioinformática y la bioquímica. Este formato permite que los nombres de las secuencias y los comentarios precedan a las secuencias.

Figura 01: Secuencia FASTA

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Este formato se originó a partir del software FASTA y fue presentado por David J. Lipmann y William R. Pearson en 1985. La herramienta FASTA tuvo muchas modificaciones a lo largo del tiempo, y la última versión consta de programas para proteína:proteína, ADN:ADN, proteína: ADN traducido (con cambios de marco) y búsquedas de péptidos ordenados o desordenados. FASTA lee una secuencia de nucleótidos o aminoácidos determinada y busca la base de datos de secuencias correspondiente mediante el alineamiento de secuencias locales para encontrar coincidencias de secuencias de bases de datos similares.

¿Qué es FASTQ?

FASTQ es un software de alineación utilizado en el campo de la bioinformática, que almacena tanto una secuencia biológica (normalmente una secuencia de nucleótidos) como sus correspondientes puntuaciones de calidad. FASTQ fue desarrollado originalmente para agrupar una secuencia con formato FASTA y los datos de calidad relacionados por Wellcome Trust Sanger Institute. Con el desarrollo en el campo de la bioinformática, FASTQ se convirtió en el estándar de facto para almacenar la salida de muchos instrumentos de secuenciación de alto rendimiento.

El formato FASTQ utiliza cuatro líneas diferentes por secuencia. La línea 1 comienza con el carácter @ y va seguida de un identificador de secuencia (similar a una línea de título FASTA). La línea 2 consta de letras de secuencia sin procesar. En la línea 3, la secuencia comienza con un carácter '+' y, opcionalmente, va seguida del mismo identificador de secuencia. La línea 4 codifica los valores de calidad para la secuencia en la línea 2 y debe constar de la misma cantidad de símbolos que letras en la secuencia.

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¿Cuáles son las similitudes entre FASTA y FASTQ?

• FASTA y FASTQ son herramientas de alineación.
• Son dos formatos de representación de secuencias.
• Ambos están relacionados con el campo de la bioinformática.
• Tanto FAST como FASTQ son herramientas importantes para fines de almacenamiento y secuenciación.
• FASTQ es una extensión del formato FASTA con la capacidad de almacenar la calidad de la secuencia.

¿Cuál es la diferencia entre FASTA y FASTQ?

FASTA es un formato basado en texto que almacena solo secuencias de nucleótidos o proteínas, mientras que FASTQ es un formato basado en texto que almacena secuencias y valores de calidad de secuencia asociados. Por lo tanto, esta es la diferencia clave entre FASTA y FASTQ. Además, FASTA almacena fragmentos de secuencia después de mapearlos, mientras que FASTQ almacena fragmentos de secuencias antes de mapearlos. Además, otra diferencia entre FASTA y FASTQ es que FASTA consta de una línea de descripción y FASTAQ consta de cuatro líneas.

La siguiente infografía presenta las diferencias entre FASTA y FASTQ en forma tabular para una comparación en paralelo.

Resumen - FASTA vs FASTQ

La bioinformática utiliza diferentes formatos de secuencias, como FASTA y FASTQ, etc. FASTA almacena fragmentos de secuencias después de mapearlos, mientras que FASTQ almacena los fragmentos de secuencias antes de mapearlos. FASTA es un software de alineación de secuencias de ADN y proteínas. Consiste en programas para proteína:proteína, ADN:ADN, proteína:ADN traducido (con cambios de marco) y búsquedas ordenadas o desordenadas de péptidos. FASTQ es un software de alineación utilizado en el campo de la bioinformática y almacena tanto una secuencia biológica (normalmente una secuencia de nucleótidos) como sus correspondientes puntuaciones de calidad. FASTA consta de una línea de descripción y FASTQ consta de cuatro líneas. Entonces, esto resume la diferencia entre FASTA y FASTQ.

Referencia:

1. Akalín, Altuna. "Genómica computacional con R". 7.1 Formatos FASTA y FASTQ.
2. “Descripción del formato Fasta”. Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.

Imagen de cortesía:

1. "Alineación de histonas" por Thomas Shafee - Trabajo propio (CC BY 4.0) a través de Commons Wikimedia