La temperatura de la columna controlada con precisión en la programación del horno, la isotérmica y la temperatura son los dos programas del horno, en la programación isotérmica la temperatura de la columna debe ser constante durante toda la separación, funciona mejor cuando el punto de ebullición de los analitos es estrecho.
En la temperatura, la temperatura de programación puede aumentar y disminuir continua o gradualmente según el requisito de separación. Este método es adecuado para la mezcla de un amplio rango de punto de ebullición.