Las ventajas de la espectroscopia de fluorescencia respecto a los UV son las siguientes.
- Alta sensibilidad: debido al alto coeficiente de extinción de los fluoróforos, el ensayo de fluorescencia es muy sensible y permite la detección de moléculas a concentraciones cientos de veces inferiores a las detectables por absorción convencional.
- Especificidad: Las propiedades de unión de los fluoróforos hacen que esta técnica sea extremadamente selectiva para componentes concretos.