Diferencia entre contig y andamio.

Que diferencia principal entre contig y andamio es que Un contig no tiene espacios, mientras que un marco consta de contigs y espacios.

La secuenciación del genoma de organismos multicelulares es muy difícil en comparación con la secuenciación de organismos unicelulares. La secuenciación aleatoria del genoma completo es una técnica de secuenciación del genoma simple y rápida para genomas multicelulares. Es un método en el que muchos fragmentos de ADN superpuestos se secuencian en paralelo. En este proceso, los fragmentos pequeños se ensamblan en fragmentos más grandes y luego en contigs más grandes usando una computadora. Luego, los contigs se ensamblan en andamios y finalmente en un cromosoma. Por lo tanto, contig es un tramo continuo de secuencias de nucleótidos, mientras que scaffold es una parte del genoma formada por contigs y gaps. Tanto contig como scaffold son secuencias genómicas reconstruidas.

CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia clave
2. ¿Qué es Contig?
3. ¿Qué es el andamiaje?
4. Similitudes entre Contig y Scaffold
5. Comparación lado a lado - Contig vs. Scaffold en forma tabular
6. Resumen

¿Qué es contigo?

Contig es una secuencia genómica. Es un tramo continuo de secuencias formadas por bases A, C, G y T. Se forma ensamblando varias pequeñas piezas superpuestas de ADN en una secuencia más larga. En términos simples, contig es una colección de una serie de fragmentos de secuencia. La generación de contig implica la identificación de fragmentos de secuencias superpuestas basándose en métodos de alineación y coincidencia de cadenas locales que identifican los extremos superpuestos de las secuencias.

Los contigs no tienen lagunas. Es parte de un marco. Los contigs se encadenan al crear un marco. Requiere información adicional sobre la posición relativa y la orientación de los cóntigos en el genoma. Los huecos separan contigs en un marco. Básicamente, el ensamblaje de contig es un paso importante en la secuenciación aleatoria del genoma completo. Los cóntigos finalmente se ensamblan en una secuencia genómica completa. El ensamblaje de Contig generalmente requiere una comprensión de los algoritmos de alineación de secuencias y coincidencia de cadenas.

¿Qué es el andamiaje?

Un marco es una secuencia genómica reconstruida a partir de clones de escopeta de genoma completo secuenciados al final. Estructuralmente, un andamio consta de contigs y gaps. Por lo tanto, los andamios se crean encadenando contigs y separándolos con espacios. El andamiaje requiere información sobre la posición relativa y la orientación de los cóntigos en el genoma. Whole-Genome Shotgun Assembly tiene como objetivo representar cada secuencia genómica en un andamio. Pero no es del todo posible. Por lo tanto, un cromosoma puede estar representado por múltiples andamios. Los andamios a veces pueden superponerse. Además, algunos andamios pueden filtrarse durante el montaje.

La longitud de un espacio de andamio no refleja su verdadera longitud. En general, los espacios se establecen arbitrariamente en ciertas longitudes fijas. Por lo tanto, estos vacíos e incertidumbres en su longitud crean problemas para comprender las verdaderas relaciones espaciales de los elementos funcionales en los genomas y el verdadero alcance de la información faltante. A veces, las lagunas representan información genómica faltante.

¿Cuáles son las similitudes entre Contig y Scaffold?

• Contig y marco son secuencias genómicas compuestas de secuencias de nucleótidos.
• Los marcos están formados por contigs y gaps.

¿Cuál es la diferencia entre contig y andamio?

Un contig es una secuencia continua compuesta por un conjunto de fragmentos de secuencia. Por el contrario, una columna vertebral es una parte de la secuencia genómica que se reconstruye mediante el encadenamiento de contigs. Entonces, esta es la diferencia clave entre contig y andamio. Además, los contigs no tienen espacios, mientras que los contigs en un marco están separados por espacios.

La siguiente infografía enumera otras diferencias entre contig y scaffold.

Resumen - Contig vs Scaffold

Tanto contig como scaffold son secuencias de nucleótidos reconstruidas en proyectos de secuenciación del genoma completo. Contig es un tramo continuo de secuencia genómica que contiene bases A, C, G y T sin espacios. El marco es una secuencia genómica formada por contigs y gaps. Por lo tanto, los componentes de ensamblaje más cortos son contigs, mientras que los esqueletos son ensamblajes de contigs. Finalmente, los andamios se ensamblan en cromosomas en la secuenciación del genoma completo. Por lo tanto, esto resume la diferencia entre contig y andamio.

Relación:

1. Adams, Jill U. "Genomas complejos: secuenciación de escopeta". Scitable, Nature Education, 2008, disponible aquí.

Imagen de cortesía:

1. "Andamio de contig PET" por The Regents of the University of California - (Dominio público) a través de Commons Wikimedia
2. "Descripción general del ensamblaje WGS denovo" por BernardoJClavijo - Trabajo propio (CC BY-SA 3.0) a través de Commons Wikimedia