Existe un caudal de disolvente óptimo para cada columna, según el tipo de fase móvil, el analito y el tamaño de columna utilizados. Si el flujo de solvente es demasiado rápido, los compuestos no tienen suficiente tiempo para equilibrarse y serán forzados a descender por la columna dejando una larga cola. Si el flujo de disolvente se usa muy lentamente en la cromatografía en columna, los procesos de difusión conducirán a un ensanchamiento de la banda. Para columnas de menor diámetro, la velocidad óptima es menor que para columnas de mayor diámetro. Por lo tanto, en comparación con las columnas pequeñas, las columnas grandes pueden trabajar con el caudal más alto.
Sabemos que el tamaño de las fracciones recolectadas depende del valor de Rf y del tamaño de la columna y que la velocidad de flujo del solvente puede afectar el proceso de separación. El caudal adecuado en la cromatografía en columna depende de las dimensiones de la columna. El principal efecto de la velocidad de flujo en la cromatografía en columna es que cambiar la velocidad de flujo del análisis puede cambiar la calidad de la separación de componentes.