Cuando se analizan moléculas ionizables con cromatografía de fase invertida, los tampones suelen separarlas. El tampón resiste el cambio de pH de forma que los compuestos y la sílice (columna) se ionizarán de forma consistente, dando lugar a resultados reproductibles de la cromatografía. Se selecciona una fase móvil tamponada para mantener un tiempo de retención (RT) constante y una selectividad para separar ácidos y bases.
Las sales tampón disminuyen eficazmente el pico de cola enmascarando los silanoles para los analitos básicos. También disminuyen las interacciones de intercambio iónico potencial con silanoles no protonados. Para separar los compuestos más básicos en HPLC de fase inversa, se recomienda que la concentración del tampón se encuentre en el rango de 10 a 50 mM.
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