Un analito cargado normalmente tiene una mayor solubilidad en agua en comparación con un compuesto neutro y, por tanto, tiene una retención mucho menor en una columna de fase inversa. Si queremos utilizar una columna de fase inversa, el ácido debe estar en su forma neutra, donde la retención debe ser alta. Si los compuestos tienen algunos o ningún grupo polar y contiene un número considerable de carbonos, nuestro trabajo es normalmente bastante fácil.
Preferimos utilizar ácido fórmico al 0,1% o ácido fosfórico al 0,1%, todos los cuales deben mantenerse en su forma neutra. Posteriormente, establecemos la cantidad de disolvente orgánico según sea necesario, una menor cantidad de disolvente orgánico significa más tiempo de retención de una molécula. Si el analito es más polar, el tiempo de retención puede disminuir en cualquiera de estas fases.