El principio de la cromatografía de afinidad es el siguiente:
1. Inyecte inicialmente una muestra en una columna equilibrada de cromatografía de afinidad.
2. La sustancia en la que existe afinidad con el ligando, sólo aquella sustancia retenida en la columna.
3. La sustancia se elude de la columna en la que no existe afinidad con el ligando.
4. Modificando las concentraciones de sal o de disolvente orgánico o el pH, las sustancias retenidas se pueden eluir de la columna.
La cromatografía de afinidad se utiliza ampliamente para la separación y la purificación con las propiedades específicas.